(二)中央支农专项的项目管理和资金分配层次多、链条长，管理机制不够科学。

　　目前，按项目分配的中央支农专项资金中，大多采取由下而上层层上报项目，再由中央、省有关部门选择确定并直接分配资金到具体项目的工作机制。从审计调查情况看，现行的这种工作机制中存在一些不够科学和需要改进完善之处。

　　主要是层层申报导致时间长、项目执行滞后和资金滞拨，影响效率。抽查50个县申报的4万多个项目，从项目申报到批复时间在6个月以上的占总项目数39%；从项目批复到资金到位时间在6个月以上的占总项目数32%。从资金拨付情况看，16个省(自治区)2006年下半年收到的专款占支农专款总额的65%(其中第四季度收到的占总额的29.92%)；50个县第四季度收到的专款占支农专款总额的44%(其中12月份收到的占总额的22%)，还有4.57亿元当年未收到。从项目执行情况看，这些县支农项目当年组织实施的占57%，当年按要求完成的占21%，未实施的项目占43%。由于项目下达和批复不及时、资金拨付迟缓、项目建设滞后，影响中央支农惠农政策的贯彻落实。

　　有的地方对项目和资金重争取和分配、轻管理和监督的问题比较突出。目前中央支农专项资金的分配机制，容易导致地方政府为争取资金而淡化管理和监督的责任。如2005年4月，安徽省农业委员会对太湖县2003年度沼气建设国债项目的验收结论是“建池率、建池成功率、国债补助资金到户率均为100%……验收合格”，但审计抽查其验收检查的九田乡兰家村发现，建池任务完成率不到50%。

　　(三)部分地区存在加重农民负担、损害农民利益的问题。

　　审计调查发现，一些主管部门(单位)受部门利益驱动或缺乏责任心，在支农项目实施过程中，仍存在变相增加农民负担、损害农民利益的问题。

　　一是农村基础设施建设项目(如农村公路、沼气建设、农村安全饮水等)和扶贫等项目的配套资金落实不到位，加重了农民的负担，也使一些乡村形成新的负债。审计抽查发现，50个县中有16个县(市)存在此类问题。如黑龙江省桦川、甘南两县中央补助扶贫项目，地方财政应配套575.84万元，实际上仅省级落实了60.56万元。

　　二是挤占挪用支农专项资金，影响政策目标实现。据不完全统计，16个省(自治区)有关部门和项目单位共挤占挪用中央支农专项资金6亿多元，其中抽审的50个县2006年共挤占挪用中央支农专项资金1.25亿元，用于平衡预算、弥补行政经费不足和发放补贴等。

　　三是截留、克扣农民补助，乱收费，损害农民利益。审计调查发现，有8个省(自治区)的10个县(市)存在此类问题。如湖北省监利县2005年擅自截留、扣发21.25万户农民的中央专项水稻良种补贴362.62万元，直至2007年7月经审计调查指出后才陆续发放到农民手中。

　　(四)地方本级预算编报中央补助收入不完整的问题仍未得到有效解决。

　　在对2002年和2005年的中央转移支付资金审计调查中，审计署曾指出地方本级预算编报中央补助收入不完整的问题，财政部也进行了调查研究，并出台了《地方政府向本级人大报告财政预、决算草案和预算执行情况的指导性意见》，要求“按上一年执行数或上级下达的预计数编报”。但从审计调查情况看，这个问题仍未得到有效解决。2007年，16个省(自治区)有77%的中央支农专项资金未按照财政部的规定编入省本级预算；50个县未将中央支农专项资金编入县级预算的比例高达95%。